괴물화 바이러스가 전 세계로 퍼진 이후의 세상을 배경으로, 괴물이 된 인간과 진화된 신인류, 그리고 생존자들 간의 마지막 생존 전쟁을 그린다. 괴물과 인간 사이의 경계에서 방황하던 차현수는 점차 자신의 운명을 받아들이며 인간성과 괴물성 사이에서 균형을 찾으려 한다. 한편, 신인류로 진화한 편상욱은 괴물화된 세계 속에서 새로운 질서를 세우려 하지만, 그가 믿는 이상은 결국 파괴를 부르고 만다. 군과 정부의 통제력은 무너지고, 생존자들은 각자의 신념과 감정에 따라 선택과 대립을 반복하며 치열한 생존극을 벌인다. 시즌 중반, 죽은 줄 알았던 이은혁이 부활해 이야기에 큰 반전을 더하고, ‘인간이 괴물보다 더 괴물이 될 수 있다’는 주제가 전면에 드러나며, 감염과 진화, 생존의 윤리적 고민이 극대화된다. 최종 결말에서는 차현수가 괴물성과 인간성의 공존을 택하며 스스로를 희생해 새로운 인류의 가능성을 열고, 그린홈을 중심으로 살아남은 사람들은 괴물 이후의 새로운 질서를 고민하며 각자의 삶을 선택하게 된다.